从德尔塔到奥密克戎,在疫情图表上看当前疫情的特征

从德尔塔到奥密克戎,在疫情图表上看当前疫情的特征

特别说明:以上图表基础数据来自国家卫健委、上海市卫健委、吉林省卫健委、北京市卫健委

2022年11月29日 · 1 分钟 · 1 字 · guiqihong
一剂疫苗对于阿尔法变异毒株与德尔塔变异毒株有效性差异可达12%至19%。然而两剂疫苗对两种变体毒株的保护率差异并不大

以色列一天确诊7605例新冠病例,疫苗保护率骤降

900多万人口的以色列作为接种疫苗程度最高的国家之一,也是最早全面放开疫情管制的国家,但面对新冠病毒德尔塔毒株时,疫情出现了反弹。当地时间8月20日晚,以色列卫生部发布的新冠疫情最新数据显示,8月19日20时至20日18时,以色列新增新冠肺炎确诊病例7605例。 据约翰霍普金斯大学数据,8月18日以色列所有核酸检测人数中阳性率达到了5.5%,这一比例在5月底仅为0.3%。以色列的疫情二次暴发也为各国敲响了德尔塔变异毒株的警钟。 《自然》援引以色列最大的公共卫生网络Clalit Health Services(CHS)的首席创新官Ran Balicer称,“对于世界上其他国家而言,这是一个非常明显的警告信号。如果这一情况能在以色列发生,那么它也能在任何其他地方发生。”据全球共享流感数据倡议组织GISAID数据显示,在过去4周时间里,以色列的德尔塔变体感染数占总新冠病毒感染数的84.2%。 此前,来自各国的研究表明,尽管疫苗接种能够降低危重病与死亡的发生率,但德尔塔变体比其他新冠变体更容易在已接种新冠疫苗者中传播。 中国研究团队在医学预印本网站上发的研究显示,新冠德尔塔毒株载量为原始新冠毒株的1260倍。美国疾病控制和预防中心(CDC)内部文件表示,德尔塔毒株传播快,基本传染数R0值可高达8至9人,且更易引发重症。这意味着,德尔塔毒株传播威力远超新冠原始毒株、非典、天花等病毒。 **以色列是世界上新冠疫苗接种水平最高的国家之一,12岁及以上的人中有78%的人完全接种了疫苗,其中绝大多数人接种了辉瑞的mRNA疫苗。然而,现在以色列也是世界上新冠病毒感染率最高的国家之一,每百万人每天有近650个新病例,一半以上是完全接种疫苗的人。**这凸显了德尔塔变异毒株传播性,其具有较强的突破性传染的能力。突破性感染是指在疫苗完全接种超过14天后,接种者仍被感染的情况。 以色列的情况也表明,接种疫苗的保护效果随着时间推移而逐渐减退——以色列是全球最早推广新冠疫苗的国家,2020年12月便开始快速推广。但以色列卫生部7月发布的一项报告表示,此前完成两剂辉瑞mRNA疫苗接种者在6月下旬至7月下旬的保护率仅为39%,相比之下,2021年1月至4月数据,疫苗对其他变体毒株的保护率高达95%。 8月发表于《新英格兰医学杂志》的一项针对19109个英国病例的研究表明,一剂疫苗对于阿尔法变异毒株与德尔塔变异毒株有效性差异可达12%至19%。然而两剂疫苗对两种变体毒株的保护率差异并不大。 该报告也表明,完全接种疫苗依旧对减轻危重病发挥较好的效果。报告显示,疫苗对住院病例的有效率为88%,对严重疾病的有效率为91%。这与此前对休斯顿卫理公会医院系统4920个患者样本研究结果类似。该研究在德尔塔变体占新冠病例大多数时进行,研究结果表明完全接种疫苗对于减少严重新冠病例,住院病例和死亡具有积极作用。 突破性病例并非少数。8月15日,有514名以色列人因严重或危重的COVID-19住院,比4天前增加了31%。在这514人中,59%的人完全接种了疫苗。在已接种疫苗的人中,87%为60岁或以上。“大多数住院病人都接种了疫苗。”以色列理工学院生物信息学家Uri Shalit说,“疫苗有一定效果,但还不够好”。 疫苗效果的减弱在早期进行疫苗接种的以色列人身上尤为明显。7月发表在medRxiv上的一项研究表明,与较晚接种的人相比,早期接种者发生突破性感染的风险明显更高。研究使用来自以色列第二大健康维护组织Maccabi Healthcare Services (MHS)的250万成员(占以色列总人口25%)的数据进行回顾性队列研究,比较了早期(1月至2月接种第二剂疫苗的个体)和晚期疫苗接种者(3月至4月接种第二剂疫苗的个体)的突破性感染发生率。 研究结果表明,早期疫苗突破性感染风险增加了53%。在按年龄对结果进行分层时,发现所有年龄组都有类似趋势。此外,与2021年4月接种疫苗的个体相比,2021年1月接种疫苗发生突破性感染的风险增加了2.26倍。 8月一项发表于medRxiv的研究通过以色列实时病例的综合性数据以及动态蒙特卡洛算法(dynamic Monte Carlo algorithm)拟合模型证明了7月的研究。 研究结果表明,与较晚接种疫苗的人相比,早期接种疫苗的人感染德尔塔变体的风险显著增高。值得注意的是,对于早期接种疫苗的老年人来说,疫苗对于其重病保护率也有所下降。 “对于政府和卫生部来说,最可怕的是医院的负担”。 哈达萨医院医生、耶路撒冷希伯来大学医学教授Dror Mevorach说。“工作人员已经筋疲力尽”。Mevorach为他们开展每周一次的支持小组活动,“以免出现某种PTSD(创伤后应激障碍)反应。” 为了控制激增的新冠病例,以色列已转向对国民的加强针注射。自7月30日,以色列开始为60岁以上的人注射第三剂疫苗,这一接种范围于8月13日扩大至50岁及以上的国民。据以色列卫生部数据,截至8月17日,已有超过113万以色列人注射了第三剂新冠疫苗。 德尔塔毒株病例的激增依旧引起诸多国家对加强针的关注。英国初步计划从9月起向50岁以上的人及其他高危人群提供疫苗。美国多位高级卫生官员8月18日表示将从9月份开始为民众接种新冠疫苗加强针。 加强针或许能够更好地强化抵抗新冠病毒的能力。据以色列卫生部的初步数据显示,60岁以上的人在接受第三针后,最近几天住院的可能性是两次接种的同龄人的一半。Clalit Health Services(CHS)报告,在4500多名接受强化注射的病人中,88%的人表示第三次注射的任何副作用都不严重,甚至比第二次注射的副作用更轻。 上图为网易新闻网友评论 是否可以这样理解: 1.当前的疫苗防疫并不是最好的防疫之路? 2.据上文“ 来自各国的研究表明,尽管疫苗接种能够降低危重病与死亡的发生率,但德尔塔变体比其他新冠变体更容易在已接种新冠疫苗者中传播。”所述,当前的疫苗注射,可能还会在将来带来更麻烦的结果?如果是,当前简单粗暴的疫苗接种方向是否值得人们思考呢? 3.如果将希望简单地寄托于加强针,则是建立在病毒没有变种的基础上,谁能知道最后的结果是希望,还是绝望呢? 4.社会化立体防疫重要,深入了解病毒并阻断病毒源头更重要!

2021年8月21日 · 1 分钟 · 39 字 · guiqihong
新冠拉姆达毒株中存在传播力强大的突异病毒

新冠拉姆达毒株中存在传播力强大的突异病毒,或可逃避中和抗体

一项研究结果显示,德尔塔变异毒株正在导致世界各地的新冠疫情不断恶化,在这种情况下,另一种变异毒株“拉姆达”具有强大的传播力和对疫苗的抵抗力。研究团队表示:“拉姆达毒株可能会成为人类社会的潜在威胁。” 日本东京大学的研究团队7月28日在科学论文网站"biorxiv"上公开了关于拉姆达毒株的研究结果。研究显示,在拉姆达毒株中观察到了抵抗疫苗使病毒失去力量的“中和作用”的突发变异和比现有新冠病毒传播力更强的突发变异。在特定条件下,拉姆达的传播力比德尔塔更强。但是,拉姆达毒株的传播力究竟比现有病毒强几倍、致命率达到什么程度等问题,目前尚未得到确认。研究团队表示担忧称:“目前全世界都尚未认识到拉姆达毒株的危险性。” 据悉,拉姆达毒株去年12月首次在秘鲁发现。但研究团队表示,更早时间、去年11月8日在阿根廷检测出的病毒中也发现了拉姆达毒株。拉姆达毒株正以秘鲁、智利、厄瓜多尔、阿根廷等南美国家为中心迅速扩散。根据秘鲁国家卫生研究所确认,超过80%的秘鲁确诊者都感染了拉姆达毒株。65%的国民接种了疫苗的智利也接连出现了因拉姆达毒株而感染的病例。根据全球共享禽流感数据倡议组织的介绍,目前发现拉姆达毒株的国家有26个。 Lambda突变株的突变位点 研究人员还指出Lambda突变株的两个关键病毒学特征: 1、RSYLTPGD246-253N、L452Q和F490S突变,导致其对免疫抵抗力增强; 2、T76I和L452Q突变,导致其传染性增强。 RSYLTPGD246-253N突变与N端结构域(NTD)“超级位点”的一个组成部分重叠,表明这是其免疫优势位点。因此,该位点的突变使Lambda突变株能够逃逸新冠疫苗引发的免疫反应。 Lambda 变体的病毒学和免疫学特征 实际上,仅仅增加传染性并不能导致大规模感染,Epsilon突变株就是例子,该突变株传染性更高,但免疫逃逸能力并未增强,因此并未导致大规模感染。 因此,要实现大规模感染,必须具备两个特征:传染性增加和免疫逃逸能力增加。而这项研究表明,Lambda突变株具备这两种能力。 该研究通过分子系统发育分析和病毒学实验阐明了Lambda突变株的进化趋势。尽管目前WHO仅将其归类为待观察突变株(VOI),但该论文作者强调Lambda突变株具有很强的潜力在未来引发新的大规模流行,应当做好应对准备。 研究还指出,RSYLTPGD246-253N、L452Q和F490S突变让拉姆达变异毒株可以对抗免疫性。其中,RSYLTPGD246-253N突变是拉姆达刺突蛋白N端结构域中一种独特的7个氨基酸缺失突变,负责逃避中和抗体,专家将这种突变描述为“独特”的突变——只存在于拉姆达变种病毒中。 另据拉美社近日报道,RSYLTPGD246-253N也被称为“安第斯突变”,为了中和具有这种突变的病毒变种,大约需要产生比中和其他毒株多1.5倍的抗体,这是因为N端结构域的大部分基因编码区序列消失了,而抗体通常在这个位置与可能进入细胞的刺突蛋白结合。

2021年8月4日 · 1 分钟 · 15 字 · guiqihong
新冠肺炎究竟何时能够结束?

新冠肺炎究竟何时能够结束?

这一场新冠肺炎究竟何时能够结束?现在观察是越来越不清晰了。 2019年刚刚出现时,当时估计2020年肯定结束,到了2020年,当时断言,2021年肯定结束,而目前已经是2021年了,我们看到的景象更像是遥遥无期,有谁能准确地回答我,这场疫情到底何时结束呢? 我们知道,西班牙大流感从1918年到1919年,持续了18个月,非典在2003年开始,持续了8个月,而这一次新冠肺炎从2019年12月开始,到现在已经持续了19个月,它们都是十分相似的病毒,为什么这一次新冠肺炎看不到结束的影子呢? 历史上某些病毒导致的传染病,何时结束,最后是什么归宿,大概分这么几类: 第一,病毒有自杀机制,比如埃博拉病毒,神秘莫测,可能在某一个早晨突然消失,也可能在某个晚上重新归来,但是很显然,这一次新冠病毒没有自杀机制。 第二,一些病毒怕热,比如非典病毒,也就是SARS病毒,它们在最热的时候突然消失,然而,这一次的新冠病毒在印度50度的高温中,仍然能够存在,看来并不怕热。 第三,变成慢性病毒,长期存在,比如季节性流感和艾滋病病毒。 新冠病毒既不会自杀,又不怕热,那么它的预后就只有两种可能性了,要么长期存在,要么变成季节性流感。 张文宏过去比较乐观,他认为,两年后可能恢复正常,现在他说,疫苗接种率超80%,疫情危害将降低到季节性流感水平。换句话说,新冠肺炎将会长期存在。 我认为,他说这句话可能指的是中国,也可能是全世界,中国接种率超过80%可以办到,全世界接种率超过80%,现在看来极不可能。 而最近我们看到了更可怕的一个事实,蒙古国只有300万人了,接种率超过80%,结果疫情多点爆发;以色列人口900万,接种率超过50%,结果疫情再次爆发;英国接种率91%,结果疫情再次爆发;俄罗斯接种率50%,结果莫斯科疫情再次爆发。 这恐怕都是德尔塔毒株惹的祸,德尔塔毒株冲破了疫苗的防守阵地,开始肆虐了。但问题是,这违背了病毒变异的规律——越来越容易传染,症状也会越来越轻,但德尔塔毒株却是越传越快,死亡率更高,对年轻人的杀伤力更大! 就在我们迷惑不解的时候,钟南山说,国产疫苗对德尔塔毒株仍然有效,世卫组织也说,疫苗可以降低德尔塔的重症发生率和死亡率。 然而,有效到什么程度,降低到什么程度,确实有待厘清。 现在战胜新冠病毒有两种方法,一种是尽可能多的接种疫苗,另外一种就是隔离——也就是对密接者进行物理性隔断,而关于密接者,钟南山重新给出了一个定义:“在同一空间、同一单位、同一建筑,在发病前4天,和病人相处在一起的,都是密切接触者 。” 钟南山甚至表示:一旦感染了德尔塔病毒,它在身体里的潜伏期比较短,两三天就会发病。 先看疫苗,中国慢慢地可以达到80%以上,可在世界各国,两年内达到80%的可能性几乎为零;再看物理性隔断,除了中国,没有任何一个国家做得到! 于是,在这个星球上,无论是新冠病毒的老毒株,还是德尔塔毒株,无论是德尔塔变异毒株,还是层出不穷的新型新冠毒株,都面对着人类的两大防御漏洞——一个是疫苗接种率远远达不到80%,一个是根本做不到物理性隔断。 因此,我的判断更为悲观,新冠肺炎可能长期存在,在有些国家和地区会变成季节性流感,而在另外一些国家和地区,则持续或者不定时爆发,反复收割人头,于是未来的新冠肺炎将会变成长期持续爆发的瘟疫和季节性流感杂糅的一种新型传染病,但愿我的判断不够准确。 我们可以预测一下,中国将在未来变成季节性流感地区,为什么?因为我们做得好;而其它国家,特别是那两方面做得不好的国家,则会面临持续爆发或者不定时爆发的局面。 而在这里,我要特别指出,印度人口众多,温度奇高,人种繁杂,它最有可能变成新冠病毒的高级培养皿——也就是说,印度会持续不断地向世界各国输送新冠变异病毒,现在的趋势已经十分明显了。

2021年6月29日 · 1 分钟 · 22 字 · guiqihong
有关病毒变异你需要知道的几个问题

德尔塔升级版"德尔塔+"来了!有关病毒变异你需要知道的几个问题

印度媒体:德尔塔升级版"德尔塔+“来了 据《印度时报》21日报道,印度出现了更新的新冠病毒变异株的升级版本“德尔塔+”,这也引发担忧,目前已导致近20人确诊感染。“德尔塔+”毒株是具有高度传染性的德尔塔变异株进一步突变形成的。 根据印度卫生部的数据,过去24小时,印度新增新冠肺炎确诊病例超过4.2万例。这个数据与第二轮疫情最高峰单日新增40多万相比,已经有了明显下降,印度各地近期也开始了逐步解封。不过,印度首先报告的“德尔塔”变异毒株,以及它的进一步变异体“德尔塔+”,依然引起了印度国内各界的担忧。 《印度斯坦时报》报道说,虽然目前印度卫生部门还没有将“德尔塔+”列入“值得关注的变异毒株名单”,但是目前在印度马哈拉施特拉邦、喀拉拉邦、中央邦等地都已经报告了“德尔塔+”的感染病例。 《今日印度》报道说,一些卫生专家担忧,“德尔塔+”或许有能力逃避因为感染或打疫苗所产生的抗体。也有一些媒体夸张的表示说,“德尔塔+”或许是目前已知的“最危险的”变异毒株。 不过,也有专家表示说,关于“德尔塔+”传染速度更快的说法,目前没有足够的证据,还不能下定论。此外,从25000个样本中,检测出20多例“德尔塔+”的感染病例,也不足以说明该变异病毒已经在印度大规模的传播。目前已知的感染病例,也是以轻症为主。相关的情况,依然有待进一步的观察和研究,呼吁民众不要过分恐慌。 当地时间2021年6月21日,印度海得拉巴,当地民众接种新冠疫苗。 什么是新冠变异病毒德尔塔毒株? 世界卫生组织21日表示,新冠变异病毒德尔塔毒株目前已扩散至92个国家。那么,德尔塔毒株具有哪些特性?目前传播情况如何?如何防范? 传染性增强 这一毒株最早于2020年10月在印度被发现,起初被媒体称为“双突变”病毒。据印度卫生部今年3月底公报,由10个实验室组成的“印度新冠病毒基因组学联盟”在马哈拉施特拉邦采集的样本中发现,这种新的变异毒株携带E484Q和L452R突变,可能导致免疫逃逸和传染性增强。这一变异毒株被世卫组织命名为B.1.617,并在5月31日用希腊字母δ(德尔塔)命名。 印度阿育王大学特里维迪生物科学学院院长、病毒学家沙希德·贾米勒接受印度《西隆时报》专访时介绍说,这种变异毒株叫“双突变”不够准确,B.1.617总共包含15处突变,有6处发生在刺突蛋白上,其中又有3处比较关键:L452R和E484Q突变发生在刺突蛋白与人体细胞“血管紧张素转化酶2(ACE2)”受体结合的区域,L452R提高了病毒侵入细胞的能力,E484Q有助增强病毒的免疫逃逸;第三处突变P681R也能使病毒更有效地进入细胞。 这些突变的综合效应使病毒能部分避开一些中和抗体,传染性增强。 传播已广泛 世卫组织卫生紧急项目技术负责人玛丽亚·范凯尔克霍弗表示,最早在英国被发现的阿尔法(α)变异毒株已在世界各地迅速传播,而德尔塔毒株比阿尔法毒株更易传播。 目前已有92个国家和地区检测到德尔塔毒株传播,其中80个国家和地区发现的是B.1.617.2亚型,12个国家和地区发现的是B.1.617亚型。今年5月,世卫组织已将德尔塔毒株列入“需要关注”的新冠变异毒株。 德尔塔毒株的致病性是否增强?目前科学界并无统一看法。美国国家过敏症和传染病研究所所长安东尼·福奇近日表示,德尔塔毒株比目前美国最常见的阿尔法毒株导致重症的几率更高。苏格兰的一项研究也提出,德尔塔毒株有可能增加患者入院治疗的风险。但世卫组织认为,目前还没有迹象表明德尔塔毒株会导致新冠致死率上升。 疫苗仍有效 最近发表在《柳叶刀》上的一项研究显示,人体接种新冠疫苗后针对德尔塔毒株产生的中和抗体滴度有所降低。但多国专家认为,目前接种疫苗还是有效的,至少可以预防重症和减少死亡。 英格兰公共卫生局5月发表报告说,研究人员分析4月5日至5月16日之间的数据发现,接种美国辉瑞制药有限公司和德国生物新技术公司联合研发的新冠疫苗第二剂两周后,防止感染德尔塔毒株后出现症状的有效率仍有88%。如果接种的是英国阿斯利康制药公司的疫苗,防止感染德尔塔毒株后出现症状的有效率也可达60%。 范凯尔克霍弗警告称,虽然疫苗针对目前的病毒仍有效,但将来病毒仍有可能出现一系列突变,从而导致疫苗实际上失去效力,这正是人们需要确保预防的情况。为此,应尽量避免和减少病毒传播,因为病毒传播得越广,变异机会就越大。 印度科学与教育研究所客座教授、免疫学家维妮塔·巴尔强调,无论是针对哪种新冠病毒,“接种疫苗总是让你处于一个有利位置来对抗感染”。 有关病毒变异你需要知道的几个问题 病毒的一生中会发生多次突变,产生变异毒株,导致病毒行为发生变化。这就给疫苗和药物研发、疫情控制带来不确定因素。 有关病毒变异你需要知道的几个问题 因为病毒不断复制自己,突变也不断发生。病毒复制的越多(感染人数越多),发生突变的几率和出现变异的数量也就越多。 在新冠病毒疾病疫情初期,全球人口绝大部分都不具备保护的免疫力,但现在越来越多人不是曾经感染过就是接种过疫苗,有了保护力。因此,不会触发人体免疫反应的变异病毒更容易传染。 那么病毒变异会无止尽地进行下去吗?哪些变异毒株是人们必须警惕的?疫苗对变异毒株会不会失效?回到起点,变异毒株是怎么产生的? 病毒如何变异? 每一次新冠病毒感染人体,都是SARS-CoV-2病毒不断复制自己的结果,每次复制就要复制自己的基因组,在复制的过程中可能会出现微小的错误,因此新的基因组可能和之前的稍有不同。 简单说,这些小错误就是突变,又称异变,由此产生病毒的变异毒株;突变会持续不断发生,变异毒株也就越来越多。 大部分突变对病毒的行为没有影响,但偶然情况下,突变也会造成病毒的行为产生变化。 目前发现的主要有两种变异,都出现在新冠病毒的突刺蛋白上,突刺蛋白是病毒用来解锁进入人体细胞的重要组成部分。 N501变异毒株改变了新冠病毒突刺最重要的“结合受体”,这是病毒突刺首先接触人体细胞的地方,任何让病毒更容易进入细胞内的变异就会让它更具优势。 英国新冠病毒基因组(COG-UK)专家罗曼(Nick Loman)认为,从这一点来看这一变异毒株非常值得关注。 另一种突变是H69/V70缺失。剑桥大学 Ravi Gupta 教授的研究表明,这种突变在实验室实验中使传染性提高了两倍,同时使幸存者血液中的抗体攻击病毒的效率减弱。 变异毒株行为有什么不同? 病毒在适应过程中有多种技巧来让自己更容易传播。例如: 更有效地侵入人体细胞; 更深地潜入人体细胞内的预警机制; 在空中存活更长时间; 增加患者呼吸、咳嗽释放的病毒含量; 病毒变异会涉及演化意义上的进退取舍:一方面的进步可能是以另一方面的退步为代价。比如,病毒在与疫苗抗衡的过程中可能会牺牲部分传播能力。 病毒变异将演变到什么程度,目前很难预测,因为不光是变异毒株的数量,还涉及传染性、危害力、免疫的有效时间长短等各种因素。 希腊字母将不会取代现有的科学名称 哪些变异毒株需要警惕? 和所有病毒一样,新冠病毒也在不断变异。和所有病毒变异一样,大多数变化都无关紧要,有些甚至有益,但有些却很险恶,会增强病毒的传染性或杀伤力,而且很不幸,这类变异往往占主导地位。 Delta 变异毒株 (B.1.617.2),最早在印度发现, Alpha 变异毒株( B.1.1.7),最早在英国肯特郡发现,已传播到 50 多个国家/地区,有可能还在变异, Beta 变异毒株(B.1.351),最早在南非发现,已扩散到至少 20 个其他国家/地区 Gamma 变异毒株 (P.1),最早在巴西发现,已扩散到其他 10 多个国家/地区 Alpha、Gamma 和 Beta 变异毒株都有一种被称为 N501Y 的突变,而这种突变似乎能强化病毒对细胞的感染力,也使病毒更容易传播。 ...

2021年6月23日 · 1 分钟 · 101 字 · guiqihong